傳說有這樣一個故事，劉伯溫出山前，常一個人躲到處州青田縣城南紅羅山中，鋪花潤，掃竹徑，對山而坐，研習《春秋》。忽然有一天，崖邊豁地一聲響亮，如若重門洞開，只容一人側身而進。劉伯溫看了半響，丟下書走進洞中見一方丈大小石室，裡面皆刻雲龍神鬼之史，精妙可愛。後壁正中一方，白如瑩玉，刻有兩個神人，手捧金字牌，上書“卯金刀，持石敲。”劉伯溫很聰明，一下就知道是什麼意思，於是抱了巨石撞開，得到一個石盒，裡面有四卷書。石壁後見到一個道士，劉伯溫拿出書請教，道士說：“此書本十三卷，以應十二月，分上中下以應三才。這四卷只是大概，應人通物，又說：“昔日有子房、孔明，並得其六，予得其八。子今得其四，亦足以澄清濁世。 ”劉伯溫後憑這本書輔助朱元璋打了天下，傳說奇門通甲術就出自這部書。
劉伯溫所得之書出自何時呢？傳說這是一部天書，出於黃帝時代。黃帝討伐蚩尤之暴，蚩尤變化無窮，黃帝無可奈何，歸於太山之上，昏然憂寢。西王母遣使者，被玄狐之裘，以符授黃帝說：“太一在前，天一在後，得之者勝，戰則克矣。”符廣三寸，長一尺，青瑩如玉，丹血為文。佩符既畢，西王母命九天玄女傳授黃帝三宮五意陰陽之略，太一遁甲六壬步鬥之術，陰符之機，靈寶五符五勝之文。黃帝既得九天玄女之助，復與蚩尤大戰，勝蚩尤於中冀，剪除神農氏之後，誅榆罔於阪泉。
天下始得大定。歷代傳說中，天下每當由亂趨治之時，九天玄女的天書就要出現，有時是九天玄女親授，有時則是有道高人代行。戰國時期，孫臏師從鬼穀子先生，得三卷天書、八門通法、六甲靈文；秦末，張良坦橋進履，得黃石公所授六卷天書；三國諸葛亮亦得六卷天書，按道甲之法在魚復平沙之上設八陣圖；《水滸傳》中也有九天玄女授天書的故事：宋江被人追之甚急，逃到還道村一座古廟裡，藏身神廚之中，有青衣童子引見九天玄女，九天玄女授宋江三卷天書，說：“宋星主，傳汝三卷天書，汝可替天行道，為主全忠仗義，為臣輔國安民。”天書本屬烏有，傳說甚為神奇，因此只可作小說家言來看。
奇門通甲同太乙數、六王術等一樣，只是這部幻想中的“天書”中的一種術數。它以十幹的乙丙丁為三奇，以戊己庚辛壬癸為六儀，分置九宮，以甲統之。因在具體運用中只用三奇、六儀來推算，甲作為十乾之首並不出現，故稱遁甲。雖然傳說遁甲術產生於遠古時代，但實際上它是在道教產生以後才出現的，就是說在東漢順帝時道教的創始人張道陵之後才出現的，它同太乙數，六壬術都是道教的產物，是道士們用來顯示其道行高超時常用的術數，所以有人稱這類術數為“左道旁門”。
傳說奇門遁甲最早有四千三百二十局，流傳中逐漸減少為一千零八十局，七十二局，到後來只剩下十八局。今天人們所說的奇門道甲就是這十八局，它是按九宮佈局法，三奇六儀各居一宮，順行佈局為陽局或陽道，逆行佈局為陰遁或陰局。 《後漢書·方術傳序》注云：“遁甲者，推六甲之陰而陰遁”。六甲即甲子、甲戌、甲申、甲午、甲辰、甲寅，六甲自戊至癸為推演為陽局，自癸逆推為陰局。清紀大奎《仕學備餘》卷三“三元歌”雲：“六甲元號六儀名，三奇即是乙丙丁。陽遁順儀奇逆布，陰通逆儀奇順行。”所以，陽局是依戊、已、庚、辛、壬、癸、丁、丙、乙之序推演，陰局則反之。
三奇六儀居九宮，九宮應八方位，每一方位為一門，計為八門，分別是休、生、傷、杜、景、死、驚、開，其中開、生、休三門為吉門，如果乙、丙、丁三奇遇到這三個吉門，就是得了“奇門”。所以。奇門通甲又稱八門遁法。九宮應九星八卦，符五行之數，故有遁甲九神之說，遁甲九神，天逢在坎，木神在斗，居破軍星；天內在坤，水神在斗，居破軍星；天沖在震，金神在斗，居破軍星；天輔在巽，土神在斗，居武曲星；天禽在坤，火神在斗，居廉貞星；天心在乾，木神在斗，居文曲星；天柱在兌，水神在斗，居祿存星；天任在艮，金神在斗，居巨門星；天英在離，土神在斗，居貪狼星。
《五行大義·論諸神》據載，太古之時，北斗九星皆見，“中古道德稍衰，標星藏曜，故星之見者七焉”。北斗由九星而為七星，是星體運行的結果，與人世變化並無關係。但為應九宮，人們還是採用太古之說，將北斗九星和九宮對應起來，天逢一，水正之宮；天內二，土神之應宮；天沖三，木正之宮；天輔四，木神之應宮；天禽五，土正之宮；天心六，金神之應宮；天柱七，金正之宮；天任八，土神之應宮；天英九，火正之宮。將九宮同遁甲九神、九星、八卦、陰陽五行對應起來的目的，是推演陰遁和陽遁，尋找鬥的加臨之數，預測吉凶明建文帝時，四川岳池教諭程濟通遁甲之術，善觀天象，見熒惑守心，推知次年七月北方有大火起，侵犯京師，以為王氣見於朔方，北方兵起，將有獄君奪位之禍。
次年，燕王朱棣揮師南下，明惠帝朱允減僅當了四年的皇帝，便被其叔父朱棣奪去了皇帝位。建文帝逃到襄陽，被發現行踪，讓程濟設計逃出城去，程濟道：“今日甲午，明日乙末，門奇俱不利。只到後日丙申，門是生方，又正值丁奇到門，又遇天德，貴人在西矣，保無事。”程濟遂於丙申日設計保建文帝逃出了襄陽，程濟用適甲術推算出丙申日恰是丁奇加臨生門，貴人在西，西屬金，金生水，故程濟讓建文帝從城西門乘小船逃走。
由於傳說中遁甲術最早是用於軍事的，所以後世傳說中，遁甲術常常被用於軍事，最著名的是三國時諸葛亮布的八陣圖。蘇軾雲：“諸葛亮造八陣圖於魚復平沙之上，壘石為八行，相去二丈。桓溫徵譙縱，見之曰：“此常山蛇勢也。 ”文武皆莫識。吾嚐過之，自山上俯視百丈餘，凡八行，為六十四襲。絕正圓，不見凹凸處，如日中蓋。予就視，皆卵石，漫漫不可辨，甚可怪也。”相去八百餘年，八陣圖尚在，令人想見當時景象。
《三國演義》第八十四回對八陣圖作了詳細的描述：陸遜引得勝之兵追擊蜀軍，忽見前面一陣殺氣沖天而起，料有伏兵、令人打探，回報江邊僅有亂石八九十誰，並無人馬。陸遜找當地人詢問，回答說：“此處名魚腹浦。諸葛亮入川之時，驅兵到此，取石排成陣勢於沙灘之上。自此常有氣如雲，從內而起。”陸遜見此若陣四面八方皆有門戶，直入陣中觀看，日暮方欲出陣，忽然狂風大作，飛沙起石，遮天蓋地，但見怪石嗟峨，槎丫似劍，橫沙立土，重迭如山。陸遜無路可出，驚呼“吾中諸葛亮之計也！”正驚疑間，忽有一老人領其徑出石陣。陸遜問：“長者何人？”答曰：“老夫乃諸葛孔明之岳父黃承彥也。昔小婿入川之時，於此佈下石陣，名九陣圖，反复八門，按遁甲休、生、傷、杜、景、死、驚、開，每日每時，變化無端，可比十万精兵。臨去之時，曾吩咐老夫道：“後有東吳大將迷於陣中，莫要引他出來。 ’老夫適於山岩之上，見將軍從“死門”而入，料想不識此陣，必為所迷。老夫平生好善，不忍將軍陷沒於此，故特自‘生門’引出也。 ”唐代大詩人杜甫有詩詠之：“功蓋三分國，名成八陣圖。江流石不轉，遺恨失東吳。 ”
八門陣法也是按八門通甲排定的一種陣法，朱元璋徵張士誠時，張士誠子張豹曾用此陣法：正東方一營軍馬皆青旗青甲青馬，上按北斗貪狼星鎮寨，甲午、庚午、戊午三日應休門，須出兵對陣，正北上文曲星、正南上廉直星按相生之理救應；正西方白旗白甲白馬，上按北斗破軍星鎮寨，癸卵三日、已卵三日應休門，東北上巨門星、正北上文曲星救應；正北方黑旗黑甲黑馬，上按北斗文曲星鎮寨，甲子三日、戊子三日、壬子三日應休門，正東上貪狼星、正西上破軍星救應；
正南方紅旗紅甲紅馬，上按北斗廉直星鎮寨，乙西三日、己酉三日應休門，東北上巨門星、正東上貪狼星救應；西北方旗、甲、馬皆黑間白，上按北斗武曲星鎮寨，庚子三日、丙子三日應休門，西南上祿存星、東北上巨門星救應；東北方旗、甲、馬皆黑間青，上按北斗巨門星鎮寨，丙午三日、壬午三日應休門，西北上武曲星、正南上廉直星救應；東南方旗、甲、馬皆青間紅，上按北斗輔、弼二星鎮寨，癸酉三日、辛酉三日應休門，正北上文曲星、正南上廉直星救應；西南方旗、甲、馬白間紅，上按北斗祿存星鎮寨，辛卯、乙卯、丁卯三日應休門，西北上武曲星、東北上巨門星救應；
中央為主帥，旗、甲、馬皆黃色，上按北極紫微垣臨鎮中宮。八門陣外，東南一支隊伍皆紅間黃，上按太微垣，救應正東、正南、東南、西南四門；西北一支隊伍皆黑間黃，上按天市垣，外應正西、正北、西北、東北四門。這樣一個陣法，令朱元璋的主帥徐達大傷腦筋，夜夢姑蘇城隍說：“此陣雖是有理，不過以北斗九星八方生剋，合著休、生、傷、杜、景、死、驚、併的遁甲。元帥只從克制的道理，分兵八隊前去攻打，他自然救應不及。又把裡面列為紫微、太微、天市三垣，分應八宮，元帥當以太板兩儀之理制之。”徐達依計面行，果然一戰而勝。八門陣法雖然玄奧，但只要理解遁甲之理，識陰陽五行之機，還是不難破解的。
